Discovery Studio là phần mềm thí nghiệm hóa học chuyên nghiệp, có thể giúp người dùng tạo ra các công thức mô hình phân tử để phân tích tốt hơn, có thể trực quan hóa dữ liệu hóa học phức tạp và nhập dữ liệu để tạo ra dữ liệu liên quan cho mô hình của bạn.

Giới thiệu chức năng

1. Thông tin cơ bản Giao diện và mô-đun hiển thị

1. Discovery Studio Standalone

Giao diện trực quan là cơ sở cho thiết kế và mô phỏng phân tử bằng phiên bản bẻ khóa của phần mềm Discovery Studio, hỗ trợ cài đặt máy chủ-máy khách trên cùng một máy tính.Chế độ hoạt động trên máy. Kết hợp với Pipeline Pilot Server, nó cung cấp khả năng hiển thị dữ liệu hóa học/sinh học, mô phỏng/phân tích, xây dựng các phân tử ba chiều, hiển thị các thay đổi động, vẽ ba chiều và nhiều chức năng khác

　2. Discovery Studio Visualizer Máy khách

Đây là giao diện trực quan dành cho máy khách ở chế độ vận hành máy chủ-máy khách, được sử dụng để truy cập và sử dụng phần mềm phía máy chủ. Nó phải hoạt động cùng với Máy chủ thí điểm đường ống được định cấu hình ở phía máy chủ để cung cấp cho người dùng dữ liệu, quy trình công việc và chia sẻ tài nguyên máy tính tuyệt vời

　2. Mô-đun mô phỏng protein

　1. DS MODELER< /p> p>

Chỉ cần so sánh trình tự cấu trúc chưa biết với một protein cấu trúc ba chiều đã biết khác, mô hình tương đồng protein được tối ưu hóa có thể được tạo ra một cách tự động và nhanh chóng bằng cách sử dụng các phương pháp lập mô hình tương đồng nhanh theo tiêu chuẩn ngành. Để phát hiện mục tiêu và phân tích cấu trúc chức năng họ protein, MODELER là một giải pháp lý tưởng. MODELER cũng có thể được sử dụng để mô phỏng các đột biến protein, thực hiện mô hình hóa vùng vòng lặp và so sánh dựa trên cấu trúc cũng như xây dựng mô hình cấu trúc protein có liên kết phối tử. Kết hợp với mô-đun Phân tích trình tự, mô hình vùng vòng lặp kháng thể có thể được tự động hóa hoàn toàn. Kết hợp với các mô-đun chức năng mô phỏng và thiết kế thuốc dựa trên cấu trúc trong phần mềm, MODELER cũng có thể được sử dụng để nghiên cứu sâu về mối quan hệ giữa cấu trúc và chức năng của protein

　2.DS Protein Refine

Sử dụng CHARMm để protein được mô hình hóa được tối ưu hóa cho chuỗi bên và vùng vòng lặp để cải thiện độ chính xác của mô hình protein

3. DS Protein Health

Một công cụ để đánh giá tính hợp lý của mô hình cấu trúc protein ba chiều. Mô-đun Protein Health sử dụng phương pháp Profiles 3D để thu được mối quan hệ giữa các đặc tính cấu trúc liên quan và thông tin trình tự axit amin bằng cách so sánh môi trường cấu trúc của cấu trúc ba chiều với môi trường bên ngoài ưu tiên của các dư lượng axit amin cụ thể. Thông qua việc phân tích mô-đun Protein Health, người dùng có thể dễ dàng và nhanh chóng tìm ra những vùng không hợp lý trong cấu trúc protein

4. Họ Protein DS

Bằng cách phân tích mô hình bảo tồn chuỗi protein của một họ protein nhất định Cũng như vị trí của các gốc được bảo toàn trên cấu trúc ba chiều, cơ chế chức năng của protein có thể được hiểu rõ hơn ở cấp độ phân tử. Quy trình đơn giản và dễ sử dụng của Họ Protein cũng có thể hướng dẫn người dùng từng bước phân tích, từ so sánh trình tự hoặc cấu trúc của họ protein đến phân tích dấu vết tiến hóa. Phân tích dấu vết tiến hóa bao gồm sử dụng các phương pháp phân cụm theo cấp bậc để xây dựng sơ đồ họ protein và đưa thông tin chú thích chức năng thu được vào cấu trúc ba chiều của bạn. Khi thực hiện so sánh trình tự, được phép thêm các ràng buộc vào kết quả so sánh nếu cần để cải thiện hiệu quả so sánh của các dư lượng chính trong trang hoạt động

　5. Phân tích trình tự DS

Với các trình tự khác chức năng đã biết So sánh trình tự protein là bước đầu tiên để xác định chức năng sinh học của một loại protein nhất định. Phân tích trình tự cũng cho phép người dùng tìm kiếm cơ sở dữ liệu cục bộ hoặc cơ sở dữ liệu trực tuyến NCBI thông qua các thuật toán BLAST và PSI-BLAST phổ biến để xác định các vùng tương đồng của trình tự protein. Kết quả được hiển thị ở định dạng báo cáo tương tác để tạo điều kiện thuận lợi cho việc phân tích sâu hơn và sử dụng trong các mô-đun phiên bản bẻ khóa khác của Discovery Studio. Khi sử dụng Blast để tìm kiếm cơ sở dữ liệu PDB hoặc PDB_nr95, SCOP ID, Ligand ID và độ phân giải tia X của protein đầu ra có thể được hiển thị trong tệp kết quả

Cách sử dụng

1. Nhấp đúp để mở phần mềm như hình bên dưới

2. Vào phần mềm và hiển thị nhiều file mẫu, tại đây bạn có thể click vào Cấu trúc Protein đầu tiên để xem cấu trúc protein

3. Như trong hình, đây là kiểu chỉnh sửa của protein. Nếu bạn cần tự thiết kế, bạn có thể tìm mô hình từ giao diện hóa học

　4. Nhấp vào chức năng Căn chỉnh nhiều chuỗi để căn chỉnh nhiều chuỗi của bạn< /p>

5. Để nhắc một số tiểu dự án về DNA, bạn có thể nhấp vào DNA-Single Strand để xem liên kết và bạn cũng có thể xem các kiểu phân tử khác nhau

6. Bấm vào Hóa học để xem cấu trúc hóa học của phần mềm và phân tích mô hình hóa học lập thể< /p>

Nhật ký cập nhật

　1. Mới Cơ sở dữ liệu đã có kế hoạch tái tạo cấu trúc hóa học

2. Bạn có thể tìm thấy dữ liệu biến đổi của phương trình phân tử từ cơ sở dữ liệu

3. Bạn cũng có thể tự mình đưa ra kết quả thí nghiệm làm mẫu nghiên cứu

p>

4. Các loại nguyên tố hóa học khác nhau cũng có thể được được thêm vào

5. Hỗ trợ sử dụng các phương trình điện phân để đưa vào mô hình

6. Hỗ trợ thêm nhận xét vào thông tin kết quả hóa học phân tích